Theo báo cáo, do ảnh hưởng của bão số 3, trên địa bàn Thành phố đã có mưa; tổng lượng mưa từ 7h ngày 6/9 đến 7h ngày 7/9 tại các điểm đo: Láng 20mm, Hà Đông 19mm, Sơn Tây (trạm thủy văn) 29,2mm, Ba Vì (trạm thủy văn) 17,6mm, Hoàn Kiếm 13,5mm, Thượng Cát 20,4mm, Ứng Hòa (Ba Thá) 38,4mm, Sơn Tây (trạm khí tượng) 60,2mm, Ba Vì (trạm khí tượng) 50,8mm. Mực nước các sông chính, sông nội địa trên địa bàn Thành phố đang ở mức thấp, dưới báo động I. Mực nước các hồ chứa nước chính trên địa bàn Thành phố đang cao, xấp xỉ mực nước thiết kế và xả tràn.
Ngay khi có các bản tin dự báo, cảnh báo thời tiết, thiên tai bất lợi và các chỉ đạo, hướng dẫn của Trung ương và Thành phố, các cấp, ngành đã chủ động triển khai các văn bản, các hoạt động phòng ngừa, ứng phó với bão theo chức năng, nhiệm vụ được giao. Một số nhiệm vụ, phương án cụ thể tiếp tục được triển khai gồm: Chỉ đạo vận hành trạm bơm tiêu thoát nước đệm, triển khai các biện pháp hạ thấp mực nước hồ chứa thủy lợi; rà soát dừng thi công các công trình có nguy cơ ảnh hưởng của bão, đặc biệt là thực hiện nghiêm công tác cấp phép thi công các công trình liên quan đến đê điều, thủy lợi theo quy định; rà soát các khu vực nguy hiểm, xung yếu (đặc biệt là việc rút kinh nghiệm đối với các đợt thiên tai trước đây, rà soát kỹ các khu vực có nguy cơ xảy ra tai nạn đuối nước, sạt lở đất...) nhằm đảm bảo an toàn cho Nhân dân ở mức cao nhất, chú trọng đảm bảo an toàn cho học sinh những ngày đầu năm học mới (chủ động chỉ đạo các trường cho toàn bộ học sinh trên địa bàn Thành phố nghỉ học ngày 7/9).
Ngay trong đêm 6/9, 160 người dân sống tại chung cư xuống cấp A7 Tân Mai, phường Tân Mai, quận Hoàng Mai đã được chính quyền quận Hoàng Mai di dời đến Trường Tiểu học Tân Mai cách đó 300m để bảo đảm an toàn trước khi bão Yagi đổ bộ. Toàn thể người dân được di chuyển đều đồng thuận; tại nơi ở tạm, chính quyền đã chuẩn bị nhu yếu phẩm thiết yếu, như: Mì tôm, nước uống, chăn chiếu cho người dân. Phường Tân Mai đã thành lập các tổ công tác gồm các ban ngành đoàn thể để hỗ trợ dân di dời.
Về thiệt hại, tính đến 7h ngày 07/9, trên địa bàn Thành phố có 1 người bị chết và 6 người bị thương do cây đổ. Thiệt hại về tài sản, theo báo cáo quận Hà Đông có 01 xe ô tô 4 chỗ và 01 xe ô tô khách bị hư hỏng do cây đổ; quận Hai Bà Trưng 01 xe máy hư hỏng do cây đổ. Về tình hình cây đổ, cành gãy, theo báo cáo của Công ty TNHH MTV Cây xanh Hà Nội có 402 cây đổ, cành gãy. Ngoài ra, trên địa bàn huyện Hoài Đức có một số cột điện bị gãy đổ; thị xã Sơn Tây 04 cột điện bị đổ, 03 hộ dân bị tốc mái nhà lợp tôn, 01 chuồng bò bị sập mái; huyện Thanh Trì gãy đổ 1 cột điện.
Người và phương tiện Xí nghiệp Thoát nước số 3 trực tại đường Vành đai 3 Gamuda, quận Hoàng Mai
Về tình hình úng ngập khu vực nội thành, theo báo cáo của Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội, đến 6h ngày 7/9, trên địa bàn Thành phố không có điểm úng ngập. Công ty tiếp tục vận hành các trạm bơm: Trạm bơm Đồng Bông 1 (mới) vận hành 3/3 bơm; Trạm bơm Cổ Nhuế vận hành 2/4 bơm; Trạm bơm DPS (Bắc Thăng Long - Vân Trì) vận hành 01/04 bơm; Trạm bơm Yên Sở vận hành 6/15 bơm khẩn cấp, 0/5 bơm thông thường.
Còn khu vực ngoại thành, theo báo cáo của các công ty thủy lợi, tính đến 7h ngày 07/9: Có 02ha lúa của huyện Thạch Thất bị ngập sâu; một số diện tích lúa bị đổ (huyện Chương Mỹ 16ha, huyện Phú Xuyên 13ha, huyện Thanh Trì 8ha). Theo báo cáo của các huyện, thị xã và công ty thủy lợi, đến 7h ngày 07/9, vận hành 09 trạm bơm tiêu với 32 máy bơm, tổng lượng bơm tiêu khoảng 79.300m3/giờ.
Lực lượng chức năng xã Thạch Hòa, Thạch Thất xử lý cây xanh đổ đoạn Đại Lộ Thăng Long
Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn Thành phố yêu cầu UBND các quận, huyện, thị xã, các sở, ban, ngành căn cứ chức năng nhiệm vụ được giao, tiếp tục thực hiện nghiêm các công điện, văn bản chỉ đạo của Trung ương và Thành phố; tiếp tục theo dõi tình hình thời tiết, thiên tai; tổ chức trực ban nghiêm túc; chủ động, kịp thời triển khai công tác phòng ngừa, ứng phó, khắc phục hậu quả cơn bão số 3 và ảnh hưởng sau bão; báo cáo kết quả triển khai thực hiện về Văn phòng Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn thành phố theo quy định.
Theo thông tin từ Đài khí tượng thủy văn khu vực Đồng bằng và Trung du Bắc Bộ, dự báo từ sáng 07/9, các quận: Ba Đình, Hoàn Kiếm, Hai Bà Trưng, Đống Đa, Long Biên, Tây Hồ, Cầu Giấy, Hoàng Mai, Thanh Xuân, Hà Đông, Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm và các huyện: Gia Lâm, Hoài Đức, Đan Phượng, Thanh Trì, Thường Tín, Thanh Oai, Mỹ Đức, Ứng Hòa, Phú Xuyên, Chương Mỹ, Đông Anh, Sóc Sơn, Mê Linh có gió mạnh cấp 5, cấp 6, sau tăng lên cấp 7, cấp 8, giật cấp 10; thị xã Sơn Tây và các huyện: Ba Vì, Thạch Thất, Quốc Oai, Phúc Thọ có gió mạnh cấp 4, cấp 5, sau tăng lên cấp 6, cấp 7, giật cấp 9.